元气骑士的守护神殿模式是一种集塔防、策略与角色养成为一体的玩法，玩家需要保护中央魔法石免受怪物侵袭。该模式通过周期性刷新怪物波次，结合据点探索、防御设施建造和角色成长系统，形成独特的挑战循环。进入方式为在大厅与古代传送门交互，消耗500蓝币即可开启，前提需通关三次普通模式解锁前置条件。核心机制围绕金币与紫币资源管理展开，金币用于角色属性升级和基础建设，紫币则专门购买防御塔等战略设施，两者均通过击败怪物或探索据点获取。
模式开局后，玩家需优先解救地图中的关键NPC以解锁核心功能。冰川区域的工程师提供防御塔购买权限，森林区域的导师则能提升技能等级，这两者是前期稳定战力的基础保障。防御塔类型包括护盾塔、天气控制器、激光塔等，需根据怪物特性选择搭配，例如护盾塔能有效抵挡弹幕，而飓风装置适合控制群体敌人。角色成长方面，每次升级会提升基础属性，但更关键的是通过工匠NPC强化武器等级，高品质武器配合天赋选择能显著提高输出效率。天赋推荐优先选择暴击穿透、散弹增加等攻击向属性，或毒盾、蓝盾等防御类属性以应对不同战斗场景。
探索机制是资源获取的重要途径，地图分为森林、冰川、火山等五个区域，带有感叹号标记的房间包含增益事件，牢笼图标则关押可解救的NPC。建议优先清理森林和冰川区域获取基础资源，待角色强度提升后再挑战高难度的火山与溶洞。据点中的敌人会随波次增强，击败后概率掉落武器或材料，用于合成进阶装备如彩虹加特林等。特殊事件如护送任务完成后，可为防御塔附加火焰冲击波等额外效果，这些阶段性强化是后期应对高强度波次的关键。
多人协作能大幅降低通关难度，组队时可分工负责防御建设与据点探索。当前版本存在实用技巧，例如角色倒地后不立即复活，通过主菜单重进可跳过当前波次并重置部分机制。后期重点在于平衡资源分配，将金币集中用于武器强化，紫币则优先升级防御塔品质至红色等级。Boss战每15波出现一次，需提前保留技能冷却和能量，利用地形与炮台联动进行输出。该模式无硬性波次上限，通关80波即可完成基础目标，但追求极限的玩家可继续挑战更高难度。
