火影忍者手游中，角色组合技是战斗系统的核心策略之一，通过特定忍者的技能联动可触发远超单体技能的威力。鸣人与佐助的灼遁光轮疾风漆黑矢零式是经典组合技代表，由鸣人的风遁超大玉螺旋手里剑与佐助的炎遁须佐能乎加具土命融合而成，具备大范围高爆发特性，曾对十尾造成显著伤害。类似地，威装须佐能乎通过九尾披覆须佐铠甲实现攻防一体，初代火影千手柱间曾评价其构思独特。这类组合技通常需满足角色羁绊条件，并在战斗中通过特定指令触发，例如二技能滑向一技能或查克拉共鸣机制。
四代火影波风水门与漩涡鸣人因父子查克拉共鸣开发的太极螺旋丸是另一类组合技的典型。该技能需双方同步释放螺旋丸引发能量共振，剧场版中展现了其瞬间爆发力。仙法五右卫门由自来也的油、深作仙人的风遁及志麻仙人的火遁联合施放，兼具范围与持续伤害，但地形因素可能影响效果。组合技并非仅限主角团队，宇智波带土的火遁暴风乱舞结合神威空间扭曲与火遁形成旋转火焰，虽学习难度评级为B，但需万花筒写轮眼支持才能施展。
游戏内部分组合技需通过特定操作指令实现。例如金色鸣人需在平A腾空时配合方向键与技能键触发强抓或浮空连击，而瞬身螺旋丸则依赖技能滑动释放。老牌忍者如鹰佐助通过二滑一指令发动无法替身的冲锋攻击，秽土三代则需切换棍形态后使用风阵吸附敌人。这些操作对时机把控要求严格，建议通过训练模式熟悉前摇与后摇。
从战术层面看，组合技可分为控制型与爆发型两类。控制型以秽土鼬与初代火影的秽土转生+木遁为代表，能压制敌方行动；爆发型如鸣佐的尾兽玉组合技则侧重瞬间输出。玩家需根据敌方阵容选择搭配，例如面对群体敌人时优先选用范围型组合技。部分组合技还存在隐藏加成，例如特定剧情关联角色组合会触发专属动画，但这类效果通常需达成较高羁绊等级。
当前版本中，组合技的平衡性调整较为频繁。例如早期强势的威装须佐能乎曾因防御系数过高被削弱，而新角色金鸣的组合技因操作复杂度保留了较高强度。建议玩家关注版本更新日志，及时调整主力阵容。对于新手而言，优先解锁鸣人、佐助等基础角色组合技是快速提升战力的有效途径，后期再逐步收集如宇智波斑等限定忍者的专属联动技能。
